在迪拜自贸区设立公司通常具有许多优势，如非本地业务零增值税、零营业税、零利得税、零薪俸税；完善的财务制度；控股权；无外汇管制；可自由处理公司利润；享受多国双边贸易协定等。

不过，也可能存在一些劣势和限制，具体因自贸区的不同而有所差异，常见的情况如下：

- **业务地点限制**：公司的业务活动通常限于自贸区内部，如果需要在迪拜本地市场开展业务，可能需要额外的许可。例如，迪拜杰贝阿里自由区（JAFZA）内注册的公司不得在阿联酋直接开展任何商业活动。

- **政府招标限制**：在参与政府招标时可能面临一定的限制。

- **员工签证限制**：员工签证申请资格有限，能获得的签证名额可能较少，且费用因自贸区而异。一些自贸区可能对拥有工作签证的员工数量与办公室面积有一定的关联要求。

- **特定业务限制**：每个自贸区都有其允许开展的业务范围清单，不管是外国投资者还是本国投资者均只能在该范围内开展业务。如 JAFZA 特别要求，针对设立在自由区内的离岸公司不得在阿联酋开展银行业务、保险或再保险等业务。

- **注册和运营成本**：虽然自贸区提供了一定的便利和优惠，但公司的注册、租赁办公空间以及可能需要的服务等仍可能产生一定的费用。 在考虑投资迪拜自贸区之前，建议了解具体自贸区的规定、政策和要求，以便更全面地评估投资的劣势和限制，并做出明智的决策。