在菲律宾，公司注册和管理主要由以下机构负责：

1. 证券交易委员会（SEC）：负责公司注册、名称查重和公司章程审核。

2. 税务局（BIR）：负责税务登记、税号申请和增值税等税务管理。

3. 菲律宾经济区管理局（PEZA）：专门管理经济区内的公司注册和税收优惠。

4. 地方政府单位（LGU）：办理营业执照和地方税务登记。

5. 社会保障系统（SSS）：为公司员工办理社会保障登记。

6. 健康保险公司（PhilHealth）：办理员工健康保险登记。

7. 住房基金（Pag-IBIG）：为员工办理住房基金登记。