在马来西亚申请商标注册的流程如下：

1. 商标查询：

   - 在提交申请前，建议进行商标查询，以确定所申请的商标是否与现有商标存在冲突。可以通过马来西亚知识产权局（MyIPO）的相关网站进行查询。

2. 提交申请：

   - 申请人需要填写商标注册申请表格（Form TM5），并将其提交至MyIPO。申请表格需要包括申请人的详细信息、商标的详细描述以及所申请的商品或服务类别（根据尼斯分类）。

3. 支付费用：

   - 申请人需支付商标注册的申请费用。费用根据申请的商品或服务类别数量有所不同。

4. 形式审查：

   - MyIPO会对提交的申请进行形式审查，确保申请表格填写完整，所提交的资料符合要求。

5. 实质审查：

   - 通过形式审查后，MyIPO将对商标进行实质审查，评估商标是否符合注册条件，包括是否具有显著性，是否与已有商标冲突等。

6. 公告和异议期：

   - 如果商标通过实质审查，MyIPO会将商标申请在《商标公告》上刊登，公开征集异议。公告期为两个月，期间任何第三方可以对商标提出异议。

7. 异议处理：

   - 如果在公告期内收到异议，MyIPO将进行异议处理，双方可以提交证据并进行辩论。最终MyIPO将做出裁决。

8. 注册与颁发证书：

   - 如果没有异议，或者异议被驳回，商标将获得注册。MyIPO会颁发商标注册证书，注册有效期为十年。

9. 续展：

   - 商标注册有效期为十年，到期前可以申请续展，每次续展有效期为十年。续展申请需在到期前六个月内提交。