在墨西哥注册公司时，需与多个政府机构协作，主要包括：

1. 经济部（Secretaría de Economía）： 负责公司名称核准和外商投资登记。

2. 税务局（Servicio de Administración Tributaria，SAT）： 负责税务登记和税号（RFC）的发放。

3. 外交部（Secretaría de Relaciones Exteriores）： 负责公司名称的预先核准。

4. 全国外商投资委员会（Comisión Nacional de Inversiones Extranjeras）： 审查特定行业的外资投资申请。

5. 商业财产公共登记处（Registro Público de Comercio）： 负责公司注册和法律文件的备案。

6. 国家统计地理及信息局（Instituto Nacional de Estadística y Geografía，INEGI）： 负责统计信息的登记。

7. 社会保险机构（Instituto Mexicano del Seguro Social，IMSS）： 负责员工社会保险的登记。

在与上述机构打交道的过程中，可能会遇到语言、法律和程序上的挑战。选择专业的代理机构，如登尼特（Tannet），可以为您提供全方位的服务，包括公司注册、年检、银行开户、做账报税、资质许可申请、商标专利注册等，确保您的公司在墨西哥合法合规地运营。