注册迪拜公司存在以下一些劣势：

1. 内地公司本地股东限制：内地公司需要有至少51%的本地股东，限制了外资的控股权，这对很多外国投资者是个制约。

2. 高运营成本：迪拜的租金、人员成本等较高，尤其是在市中心和一些热门自由区，办公空间和生活成本较贵。

3. 有限的市场准入：自由区公司虽然享有100%外资拥有权，但不能在自由区以外的阿联酋市场直接进行商业活动。

4. 行业监管严格：某些行业，如金融、医疗、教育等，需要额外的行业许可和更严格的监管，这增加了注册的复杂性。