注销菲律宾公司需要按照以下步骤进行：

1. 股东大会决议：召开股东大会，决定注销公司，并指定清算人。

2. 清算资产和债务：清算人处理公司资产和债务，结清所有税款和员工福利。

3. 注销税务登记：向BIR申请注销税号，清理税务。

4. 注销营业执照：向地方政府申请注销营业执照。

5. 提交注销申请给SEC：向菲律宾证券交易委员会提交注销申请和相关文件。

6. 结清社会保险和其他账户：注销社保、健康保险等账户。

7. 领取注销证明：完成所有步骤后，领取公司注销证明。