菲律宾公司报税的主要渠道如下：

1. eBIRForms系统：在线填写和提交税务报表，适用于法人所得税、增值税等。

2. ePayment系统：通过银行转账或电子支付平台在线支付税款。

3. BIR区域办事处（RDO）：如果不能使用电子系统，可以通过地方税务局提交纸质报表和支付税款。

4. 授权银行和代理：通过BIR授权的银行和代理机构支付税款。

5. BIR移动应用：适用于小型企业，通过手机应用完成税务报表提交和支付。